Tu viện nằm trên lãnh thổ huyện Kirillov tỉnh Vologda (Nga). Nằm trong tu viện là Viện bảo tàng bích họa Dionisii, một chi nhánh của Khu bảo tồn-bảo tàng nghệ thuật và kiến trúc lịch sử Kirillo-Belozer (KBIAKhMZ), trên cơ sở sắc lệnh của tổng thống Nga năm 1997 về Bản tổng hợp quốc gia các di sản văn hóa có giá trị đặc biệt của Liên bang Nga..

Tu viện này nằm ở vị trí khoảng 20 km từ thị trấn Kirillov về hướng đông bắc và khoảng 120 km từ thành phố Vologda về hướng tây bắc. Tu viện được xây dựng trên sườn đồi giữa hai hồ là hồ Borodaevskoe và hồ Paskoe, được nối với nhau bằng con suối nhỏ có tên gọi là Paska. Bản thân làng Pherapontovo lại nằm chủ yếu ở phía đối diện với tu viện bên kia bờ suối. Tu viện này nổi bật trong vùng, một phần là nhờ kích thước của nó cũng như là nhờ kiểu dáng kiến trúc hài hòa của nó.